Ministerstvo pro místní rozvoj, jakožto věcný gestor stavebního zákona, vydalo metodický pokyn týkající se kolaudování staveb povolených podle předchozích verzí stavebních zákonů. Tento metodický pokyn zahrnuje rovněž problematiku řešenou SEI jako dotčeným orgánem podle odst. 1 §13 zákona č. 406/2000 Sb., o hospodaření energií, ve znění pozdějších předpisů.
V reakci na tento metodický pokyn, se kterým se SEI ztotožňuje, nebude figurovat jako dotčený orgán v případech, kdy již vydala závazné stanovisko k povolení stavby, to však platí pouze v případech, kdy v průběhu stavby nedojde k nějaké změně s vlivem na energetickou náročnost této budovy. V těchto případech byl zpracován průkaz energetické náročnosti budovy (PENB) na začátku stavby a pokud se v tomto dokumentu nic nezměnilo (tedy nedošlo v průběhu stavby např. ke změně způsobu vytápění nebo nebyla použita slabší vrstva zateplení oproti původnímu projektu), není důvodné, aby SEI takovýto PENB posuzovala opětovně. SEI se bude zaměřovat na případy, kde došlo ke změně s dopadem do energetické náročnosti budovy v průběhu její výstavby a je tedy potřeba zpracovat nový PENB, který zohlední tyto změny a ten předložit SEI k novému posouzení a rovněž na případy, kdy je stavba povolována již podle nového stavebního zákona a SEI figuruje nově na konci procesu v rámci kolaudačního řízení.
PRINCIPY KOLAUDOVÁNÍ STAVEB POVOLENÝCH PODLE ZÁKONA č. 183/2006 Sb. a ZÁKONA č. 50/1976 Sb.